s

xi

9.3.1

Density and Degree Distribution . . . . . . . . . . . .

227

9.3.2

Clustering Coefficient

. . . . . . . . . . . . . . . . . .

228

9.3.3

Matching Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

229

9.3.4

Centrality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

229

9.3.5

Network Models

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

230

9.3.6

Network Analysis with Python . . . . . . . . . . . . .

231

Modules and Hubs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

232

9.4.1

Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

232

9.4.2

Modules in Brain Networks . . . . . . . . . . . . . . .

235

Motifs of the Brain

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

235

9.5.1

Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

235

9.5.2

Motifs of the Brain Networks . . . . . . . . . . . . . .

236

Brain Network Alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

237

9.6.1

Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

237

9.6.2

Alignment of Brain Networks . . . . . . . . . . . . . .

238

Disease Networks of the Brain

. . . . . . . . . . . . . . . . .

239

9.7.1

AD Connectome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

240

9.7.2

Schizophrenia Connectome

. . . . . . . . . . . . . . .

241

9.7.3

Other Disease Networks . . . . . . . . . . . . . . . . .

242

Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

244

ography

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

245

in Proteomics

250

me Sürmen and Mustafa Gani Sürmen

Introduction

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

250

The Importance of Proteomics in Brain Research . . . . . . .

251

The Importance of Sample Selection for Proteomics Research

252

Shotgun Proteomics

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

252

Processing and Visualizing Proteomics Data

. . . . . . . . .

253

Proteomic Studies on Neurological Diseases . . . . . . . . . .

257

10.6.1 Alzheimer’s Disease (AD) . . . . . . . . . . . . . . . .

257

10.6.2 Parkinson’s Disease (PD) . . . . . . . . . . . . . . . .

260

10.6.3 Schizophrenia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

261

Conclusion and Remarks

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

263

ography

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

264

273